Dans la première moitié du XVIIIe siècle, les bénéfices des plantations et des gisements d’or et de diamants du Brésil ont apporté une nouvelle vague d’optimisme et d’enthousiasme à Lisbonne. Pendant ce temps, un aqueduc était en construction et la fabrication était florissante. Pendant cette période de prospérité financière, des églises ont également été construites, à savoir le couvent massif de Mafra, voyage entreprise Lisbonne à environ 40 km au nord de Lisbonne. Cette période d’optimisme s’est terminée le matin du 1er novembre 1755. Les églises étaient bondées pour honorer les morts le jour de la Toussaint lorsque la ville a été dévastée par l’un des plus grands tremblements de terre jamais enregistrés. Trois secousses initiales ont duré 10 minutes. Le quai de Lisbonne s’est enfoncé dans le Tage. Ceux qui cherchaient la sécurité sur des bateaux sur le Tage ont été noyés par un tsunami. Après le tsunami, des incendies massifs se sont déclarés et ont duré des jours, brûlant de grandes parties de la ville. Environ 60 000 vies ont été perdues et plus de 12 000 bâtiments ont été détruits. (Voir tremblement de terre de Lisbonne de 1755.)
Physiquement, Lisbonne s’est rétablie avec une célérité étonnante pour l’époque, mais le choc a laissé son empreinte sur la pensée des générations à venir. La reconstruction – une bonne partie de l’aide étrangère était prévue – a été réalisée par le Premier ministre de Joseph Ier, Sebastião José de Carvalho, le dirigeant virtuel du pays. Il confia à Manuel da Maia, ingénieur en chef du royaume, la responsabilité de cinq architectes et eut bientôt un plan pour refaire le centre totalement dévasté de la Cidade Baixa («Ville basse»). Le palais riverain avait été détruit et sa terrasse agrandie pour créer la nouvelle place du Commerce. Au nord de là, un quadrillage de 48 rues menait à l’intérieur des terres vers le Rossio et une nouvelle place voisine, Figueira. Les bâtiments uniformes de deux étages étaient surmontés de deux niveaux de lucarnes faisant saillie sur des toits de tuiles. Les coins des avant-toits, dans la tradition lisboète, se relevaient, en faible écho d’une pagode. Le style de construction, évolué pour rapide, pas cher construction, était baroque mais pratiquement dépouillé de décoration. Après que le ministre ait été récompensé par le titre de marquês de Pombal, le style est devenu connu sous le nom de pombalino.
La Sé et la plupart des églises ont été réparées ou reconstruites, mais l’église du Carmel (Carmo) du XIVe siècle a été laissée en l’état. Se dressant du haut de ses collines au-dessus de la Baixa, la coquille gothique sans toit a été convertie en musée archéologique, tandis que son cloître a servi de caserne à la Garde nationale républicaine, une force de sécurité paramilitaire. Le Palais de l’Inquisition, complètement aplati, n’a pas été reconstruit lorsque Pombal a agrandi et réaligné le Rossio, et sur son site, 90 ans plus tard, le Théâtre National de Dona Maria II a été érigé. Pombal a banni l’ordre des jésuites et transformé leur établissement en hôpital Saint-Joseph pour remplacer l’hôpital de tous les saints détruit. La faculté de médecine a cherché une chambre à St. Joseph’s jusqu’à ce qu’elle acquière un nouveau bâtiment indépendant à la fin du XIXe siècle. La maison des novices jésuite a été convertie pour servir d’école des nobles. Plus tard, les gouvernements ont expulsé plus d’ordres religieux, dont les bâtiments sont devenus des casernes, des hôpitaux, des académies royales et des bureaux gouvernementaux.