Dans la première moitié du XVIIIe siècle, les bénéfices des plantations et des gisements d’or et de diamants du Brésil ont apporté une nouvelle vague d’optimisme et d’excitation à Lisbonne. Pendant ce temps, un aqueduc était en construction et la fabrication était florissante. Pendant cette période de prospérité financière, des églises ont également été construites, à savoir le couvent massif de Mafra, à environ 40 km au nord de Lisbonne. Cette période d’optimisme a pris fin le matin du 1er novembre 1755. Les églises étaient bondées pour honorer les morts le jour de la Toussaint lorsque la ville a été dévastée par l’un des plus grands tremblements de terre jamais enregistrés. Trois secousses initiales ont duré 10 minutes. Le quai de Lisbonne s’est enfoncé dans le Tage. Ceux qui ont cherché la sécurité sur des bateaux sur le Tage ont été noyés par un tsunami. Après le tsunami, des incendies massifs ont éclaté et ont duré plusieurs jours, brûlant de grandes parties de la ville. Environ 60 000 vies ont été perdues et plus de 12 000 bâtiments ont été détruits.
Physiquement, Lisbonne a récupéré avec une célérité étonnante pour l’époque, mais le choc a laissé sa marque dans la pensée des générations à venir. La reconstruction – une bonne partie de l’aide étrangère était à venir – a été réalisée par le Premier ministre de Joseph I, Sebastião José de Carvalho, le souverain virtuel du pays. Il confia à Manuel da Maia, ingénieur en chef du domaine, la responsabilité de cinq architectes et eut bientôt un plan pour refaire le centre totalement dévasté de la Cidade Baixa («Ville basse»). Le palais au bord de la rivière a été détruit et sa terrasse a été agrandie pour créer la nouvelle place du Commerce. Au nord de là, une grille de 48 rues menait à l’intérieur du Rossio et une nouvelle place voisine, Figueira. Les bâtiments uniformes à deux étages étaient surmontés de deux niveaux de lucarnes dépassant des toits de tuiles. Les coins de l’avant-toit, dans la tradition de Lisbonne, se sont relevés, voyage entreprise Lisbonne en léger écho d’une pagode. Le style de construction, évolué pour une construction rapide et bon marché, était baroque mais pratiquement dépourvu de décoration. Après que le ministre ait été récompensé par le titre de marquês de Pombal, le style est devenu connu sous le nom de pombalino.
La Sé et la plupart des églises ont été réparées ou reconstruites, mais l’église du Carmel (Carmo) du XIVe siècle a été laissée telle quelle. Surplombant ses sommets au-dessus de la Baixa, la coquille gothique sans toit a été convertie en musée archéologique, tandis que son cloître a servi de caserne à la Garde républicaine nationale, une force de sécurité paramilitaire. Le Palais de l’Inquisition, complètement aplati, n’a pas été reconstruit lorsque Pombal a agrandi et réaligné le Rossio, et sur son site, 90 ans plus tard, le Théâtre national de Dona Maria II a été érigé. Pombal a banni l’ordre des Jésuites et a transformé leur établissement en hôpital Saint-Joseph pour remplacer l’hôpital All Saints détruit. L’école de médecine s’est efforcée de trouver de la place à St. Joseph’s jusqu’à ce qu’elle acquière son propre bâtiment à la fin du XIXe siècle. La maison des novices jésuites a été convertie pour devenir l’école des nobles. Plus tard, les gouvernements ont expulsé d’autres ordres religieux, dont les bâtiments sont devenus des casernes, des hôpitaux, des académies royales et des bureaux gouvernementaux.